Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2010
-
Využití laseru ve světelné mikroskopii při studiu prostorového uspořádání a dynamiky buněčných struktur
Rok: 2010, druh: Vyžádané přednášky
2009
-
A Fast Level Set-Like Algorithm with Topology Preserving Constraint
13th International Conference on Computer Analysis of Images and Patterns, rok: 2009
-
A Two-Phase Segmentation of Cell Nuclei Using Fast Level Set-Like Algorithms
16th Scandinavian Conference on Image Analysis, rok: 2009
-
Acquiarium 2009
Rok: 2009
-
Acquiarium: Free image acquisition and analysis software for image cytometry
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Acquiarium: Free Software For Image Acquisition And 3D Analysis Of Fluorescently Labeled Cells
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, rok: 2009
-
Autofocusing software issues in automated fluorescence microscopy
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Automated search for information content in fluorescence microscopy images using modified autofocusing approach
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Automated spinning disk confocal microscopy in 3D live cell imaging
Rok: 2009, druh: Vyžádané přednášky