Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2009
-
Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Prediction of localization and interactions of proteins involved in caspase-independent apoptosis
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Representation of T-cell receptor V beta families detected by reverse transcription PCR and capillary electrophoresis
Experimental Hematology, Volume 37, Number 9, rok: 2009
-
Segmentation of Touching Cell Nuclei using a Two-Stage Graph Cut Model
16th Scandinavian Conference on Image Analysis, rok: 2009
-
Single-cell-based image analysis of high-throughput cell array screens for quantification of viral infection
Cytometry Part A, rok: 2009, ročník: 75A, vydání: 4
-
The in vitro proliferation potential and proportion of CD133+ versus CD34+ hematopoietic stem cells
Experimental Hematology, Volume 37, Number 9, rok: 2009
-
Time-lapse living cells microscopy of cell line K562 for study of CML-associated proteins dynamics - immobilization of suspension cultured cells
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Towards Proper Evaluation of Image Analysis Methods Used in Biomedical Research
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
2008
-
3D AcquiGen 0.2
Rok: 2008
-
3D CytoGen 0.2
Rok: 2008