Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2010
-
Digital phantoms of cell nuclei and the use of simulations in nuclear studies
Rok: 2010, druh: Vyžádané přednášky
-
Efficient Computation of Morphological Greyscale Reconstruction
6th Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science, rok: 2010
-
Filtering with Anisotropic 3D~Gabor Filter Bank Efficiently Computed with 1D~Convolutions without Interpolation
Proceedings of the Seventh IASTED International Conference on Signal Processing, Pattern Recognition and Applications, rok: 2010
-
From autofocusing to automatic 3D information content analysis
Rok: 2010, druh: Vyžádané přednášky
-
Graph Cuts and Approximation of the Euclidean Metric on Anisotropic Grids
VISAPP International Conference on Computer Vision Theory and Applications, rok: 2010
-
Image Division Technique in Automated Fluorescence Microscopy
Rok: 2010, druh: Další prezentace na konferencích
-
Image Division Technique in Automated Fluorescence Microscopy with Complex Content
PROCEEDINGS OF THE IADIS INTERNATIONAL CONFERENCE COMPUTER GRAPHICS, VISUALIZATION, COMPUTER VISION AND IMAGE PROCESSING 2010, rok: 2010
-
Improving Accuracy of Optical Flow of Heeger's Original Method on Biomedical Images
Proceedings of the 7th International Conference on Image Analysis and Recognition, ICIAR 2010, rok: 2010
-
Information Content Analysis in Automated Fluorescence Microscopy
Rok: 2010, druh: Účelové publikace
-
Information content analysis in automated microscopy imaging using modified autofocusing approach
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty