Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii
Autoři	MATULA Pavel MAŠKA Martin DANĚK Ondřej MATULA Petr KOZUBEK Michal
Rok publikování	2009
Druh	Článek ve sborníku
Konference	IEEE International Symposium on Biomedical Imaging
Fakulta / Pracoviště MU	Fakulta informatiky
Citace
www	http://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2009.5193258
Obor	Počítačový hardware a software
Klíčová slova	free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry
Popis	Článek popisuje volný software (nazývaný Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) k provádění sledu kroků, který se objevuje v mnoha studiích buněk pomocí fluorescenční mikroskopie. Software pojímá zachycení obrazu, korekci surových dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci a prostorová měření segmentovaných objektů, objemové vizualizace, a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro snadné zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použitý i pro analýzu kolekce 2D obrazu nebo časové série 2D nebo 3D obrazů. Má modulární návrh a je rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů. Článek podává základní přehled o softwarů a jeho klíčových myšlenkách.
Související projekty:	Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů