Computational prediction of monosaccharide binding free energies to lectins with linear interaction energy models

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	MISHRA Sushil Kumar SUND Johan AQVIST Johan KOČA Jaroslav
Rok publikování	2012
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Journal of Computational Chemistry
Fakulta / Pracoviště MU	Středoevropský technologický institut
Citace
www	http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23081/abstract
Doi	http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23081
Obor	Fyzikální chemie a teoretická chemie
Klíčová slova	free energy; saccharides; linear interaction energy; molecular dynamics; Ralstonia solanacearum lectin; Pseudomonas aeruginosa lectin-II
Přiložené soubory	JCC_2012.pdf
Popis	The linear interaction energy (LIE) method to compute binding free energies is applied to lectin-monosaccharide complexes. Here, we calculate the binding free energies of monosaccharides to the Ralstonia solanacearum lectin (RSL) and the Pseudomonas aeruginosa lectin-II (PA-IIL). The standard LIE model performs very well for RSL, whereas the PA-IIL system, where ligand binding involves two calcium ions, presents a major challenge. To overcome this, we explore a new variant of the LIE model, where ligand–metal ion interactions are scaled separately. This model also predicts the saccharide binding preference of PA-IIL on mutation of the receptor, which may be useful for protein engineering of lectins.
Související projekty:	Návrh antibakteriálních a antivirových léků na bázi cukrů a glykomimetik Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny CEITEC - středoevropský technologický institut SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future