Computation of Dynamic Channels in Proteins

• Autoři: BENEŠ Petr; MEDEK Petr; STRNAD Ondřej; SOCHOR Jiří
• Rok publikování: 2011
• Druh: Článek ve sborníku
• Konference: Proceedings of Biotechno
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• Obor: Informatika
• Klíčová slova: protein; dynamic channel; molecule; trajectory; computational geometry
• Popis: Prezentujeme novou metodu pro detekci tzv. dynamických tunelů v trajektorii molekulární dynamiky. Metoda využívá základních principů výpočetní geometrie a je založena na maximalizaci volného prostoru uvnitř molekuly. Dynamické tunely zvýrazňují pulsující a flexibilní části molekuly a umožňují ligandu vstoupit do aktivního místa molekuly. Metoda byla testována na skutečných datech a výsledky přináší dosud nepoznané informace o molekule.

Související projekty

• CPG - Centrum počítačové grafiky
• Triangularizované modely pro haptiku a virtuální realitu
• Analýza a vizualizace proteinových struktur