Diverse retrotransposon families and an AT-rich satellite DNA revealed in giant genomes of Fritillaria lilies
| Název česky | Různé rodiny transpozonů a AT bohaté satelitní repetice zjištěny v obřích genome rodu Fritillaria |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2011 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Annals of Botany |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | http://aob.oxfordjournals.org/content/107/2/255.full.pdf+html |
| Doi | http://dx.doi.org/10.1093/aob/mcq235 |
| Obor | Botanika |
| Klíčová slova | Liliaceae; repetitive DNA; transposable elements; retrotransposon; heterochromatin; satellite repeats; chromosomes; genome size variation |
| Popis | Byl identifikován podíl repetic pokrývající 6,7 resp. 4,7% v rámci obřích genomů Fritillaria affinis resp. F. imperialis. Převládající frakcí LTR retrotranspozonů byly přitom Chromoviry a Tat podrodina v rámci Ty3/gypsy. Kromě toho, heterogenní, mimořádně AT bohaté repetice byly izolovány z genomů F. affinis a několika jiných druhů Liliorhiza. Nicméně žádný vztah mezi obsahem heterochromatinu a velikostí genomu variace byla prokázán. Oproti předpokladu, že za obří genomy v rámci genomů druhů rodu Fritillaria je zodpovědný jeden typ transpozonů se zdá být pravděpodobnější, že za tento nárůst je zodpovědné velké množství různých rodin. Předpokládáme proto, že za genomovou obezitu je zodpovědné selhání mechanizmů odstraňování transpozonů, které jinak balancuje jejich amplifikaci. |
| Související projekty: |