Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum.

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

ZOBANÍKOVÁ Marie MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ Petra STROUHAL Michal ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David WEINSTOCK George M.

Rok publikování 2009
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Popis Byl sekvencován genom T. pallidum ssp. pertenue (původce yaws) u kmenů Samoa D (1 139 330 bp), CDC-2 (1 139 744 bp) a Gauthier (1 139 441 bp) pomocí 3 celogenomových sekvenačních metod a Sangerova sekvencování, pro srovnání 1 138 011 bp je délka genomu u kmene Nichols (T. pallidum ssp. pertenue, původce syfilis). Oba poddruhy nelze morfologicky, sérologicky ani imunologicky odlišit. Navržené geny kmene Samoa D byly porovnány s geny kmene Nichols. Pro 90 genů (u kmene Nichols hypotetických) byla nově předpovězena funkce. Bylo zjištěno, že 56 % kóduje proteiny identické u obou kmenů a jen 3 % genů mají více než 10 aa změn nebo inzerce a delece. U nich bylo provedeno srovnání s ortologními geny dalších ssp. pertenue kmenů. Bylo nalezeno 9 identických genů na úrovni ssp. pertenue oproti výrazným rozdílům vůči ssp. pallidum. Většina těchto genů kóduje konzervované hypotetické proteiny.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.