Srovnání genomů původců yaws s genomem kmene Nichols, původcem syfilis.

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

ZOBANÍKOVÁ Marie ČEJKOVÁ Darina STROUHAL Michal MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ Petra ŠMAJS David GEORGE M. Weinstock

Rok publikování 2009
Druh Článek ve sborníku
Konference XIII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova syphilis; yaws; Treponema pallidum subsp. pertenue; Treponema pallidum subsp. pallidum
Popis Tři celogenomové sekvenační techniky byly použity pro sekvencování genomů kmenů Samoa D (1 139 330 bp), Gauthier (1 139 441 bp) a CDC-2 (1 139 744 bp) bakterie Treponema pallidum subsp. pertenue, původce yaws. Délka publikovaného genomu původce syfilis kmene Nichols je 1 138 011 bp. U kmene Samoa D byly navrženy otevřené čtecí rámce a anotovány geny s minimálním počtem 49 aminokyselin. Navržené ORFs (1088) byly porovnány s ORFs kmene Nichols (1039), pro 90 ORFs (hypotetických genů kmene Nichols) byla předpovězena funkce. Byly identifikovány 3 % ORFs s více než 10 aminokyselinovými (aa) změnami nebo indely, které by mohly mít vliv na rozdílnou klinickou manifestaci yaws a syfilis, např. geny TP0133, TP0304, TP0462-463, TP0544, TP0577, TP0619, TP0651, TP0668, TP0968 lišící se mezi kmeny SamoaD a Nichols, ale identické na úrovni pertenue kmenů. Dále bylo identifikováno: 56 % ORFs identických u obou kmenů, 15 % lišících se délkou, 1 % ORFs má změnu čtecího rámce a 24 % ORFs má méně než 10 rozdílných aa.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.