Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Závislost simulací A-RNA na volbě silového pole a iontové síly.
Autoři	BEŠŠEOVÁ Ivana OTYEPKA Michal RÉBLOVÁ Kamila ŠPONER Jiří
Rok publikování	2009
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Physical Chemistry Chemical Physics
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Obor	Biofyzika
Klíčová slova	molecular dynamics methods; RNA; force field; A-form
Popis	Provedli jsem extenzivní molekulově dynamickou studii třech A-RNA duplexů. Testovali jsme závislost geometrie A-RNA na silovém poli (Parm99 a Parmbsc0) a na velikosti iontové síly. Silové pole parmbsc0 zabraňuje dočasným alfa/gama t/t přechodům, čímž zkompaktňuje A-RNA duplex ve srovnání se silovým polem parm99. Stabilizace A-RNA ve srovnání s parmbsc0 zahrnuje viditelnou redukci šířky velkého žlábku, zvýšení parametru roll, zvětšení helikální inklinace a malé zvýšení twistu. Silové pole parmbsc0 tak posouvá simulované duplexy více do A-formy.
Související projekty:	Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím Biomolekulární centrum