Computation of channels in protein dynamics

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Výpočet tunelů v proteinové dynamice
Autoři

BENEŠ Petr MEDEK Petr SOCHOR Jiří

Rok publikování 2009
Druh Článek ve sborníku
Konference Proceedings of the IADIS International Conference Applied Computing 2009
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
Obor Informatika
Klíčová slova channel; cluster analysis; protein molecule; protein dynamics
Popis Při komplexních analýzách proteinů je potřeba rovněž analyzovat chování jednotlivých tunelů uvnitř molekuly. Pro výpočet tunelů ve statickém snímku existuje několik metod. Metoda, která by sledovala otevírání a zavírání tunelů v čase však zatím neexistovala. Tento článek rozebírá různé clusterovací metody, které jsou použity pro rozdělení tunelů spočítaných v jednotlivých snímcích dynamické sekvence do příslušných clusterů. Každý cluster potom představuje vývoj geometrie určitého tunelu v čase. Všechny clusterovací metody mohou využít tunely vypočítané libovolnou z metod pro statický výpočet tunelů. Při výpočtu se prochází jednotlivé snímky z proteinové dynamiky a tunely jsou počítány nezávisle v těchto snímcích. Clusterovací metody byly testovány na reálných datech a jejch výsledky jsou diskutovány včetně jejich hlavních výhod a nevýhod.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.