Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Meze správnosti studia dynamiky RNA pomocí model-free analýzy relaxace uhlíku C-13
Autoři

KADEŘÁVEK Pavel FIALA Radovan

Rok publikování 2007
Druh Článek ve sborníku
Konference 22nd NMR Valtice
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Biochemie
Klíčová slova dynamics; NMR spectroscopy; nucleic acid; relaxation; chemical shift anisotropy
Popis Model-free analýza relaxačních dat je jednou z metod studia interní dynamiky molekul pomocí NMR spektroskopie. Aplikovatelnost model-free přístupu na analýzu C-13 relaxačních dat u uhlíků v bazích nukleových kyselin však nebyla dosud dostatečně prověřena. Cílem této práce je nalézt podmínky, za nichž je tato metoda aplikovatelná s dostatečnou správností. Studovali jsme vliv asymetrie tenzoru chemického stínění pro molekuly s axiálně symetrickým difuzním koeficientem s poměrem složek 2.4 až 8.2, což odpovídá duplexům DNA o 12 až 30 párech bazí. Maximální povolená chyba parametru uspořádání byla 0.05. Výsledky ukazují, že pro atom C6 v pyrimidinových bazích jsou při rezonanční frekvenci vodíku 800 MHz výsledky zatíženy příliš velkou chybou u všech studovaných molekul, zatímco při 400 MHz je chyba přijatelná u všech studovaných molekul s výjimkou molekuly s 30ti páry bazí.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.