Pilotní screening hypervariabilních lokusů v genomu Treponema pallidum u typových kmenů a klinických izolátů
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2007 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty. |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Treponema pallidum; type strains; clinical specimens |
| Popis | Na základě mapování heterologních úseků v rámci druhu T. pallidum s využitím metody komparativní genomové sekvenace (CGS) byly nalezeny hypervariabilní úseky v genomu Treponema pallidum. Jednalo se o hypotetické geny TP0136 a TP0548. Byly porovnány sekvence těchto genů u 4 skupin typových kmenů T. pallidum: poddruhu pallidum (6 kmenů způsobujících syfilis), pertenue (6 kmenů způsobujících yaws) a endemicum (1 kmen způsobující endemickou syfilis) a u 1 blíže nespecifikovaného opičího izolátu. Dále jsme měli k dispozici 9 PCR pozitivních klinických vzorků od syfilitiků. PCR pozitivita byla stanovena dvoukrokovou PCR detekcí dvou T. pallidum specifických lokusů (tmpC, polA). Srovnání sekvencí genů TP0136 a TP0548 získaných Sangerovou metodou bylo vyjádřeno ve formě fylogenetického stromu a byla provedena analýza změn proteinových sekvencí. 4 skupiny typových kmenů tvoří u obou lokusů diskrétní sekvenční shluky, přičemž poddruh pallidum se dělí na dvě skupiny kmenů - Nichols a jemu podobné kmeny a SS14 a jemu podobné kmeny, přičemž všechny vyšetřené klinické vzorky patří do druhé skupiny. U 4 klinických vzorků došlo k záchytu materiálu sekvenčně unikátního, tedy odlišného od typových kmenů. Pokud bylo získáno více vzorků od téhož pacienta, výsledné sekvence pro testované lokusy se shodovaly. Na základě získaných výsledků lze vybrané lokusy genomu považovat za slibnou metodu pro charakterizaci klinických izolátů. |
| Související projekty: |
|