Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2007 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Rod Aeromonas působí jako podmíněný patogen člověka, teplokrevných a hlavně studenokrevných živočichů. Je častým izolátem z humánního a veterinárního klinického materiálu. Taxonomie rodu se vyvíjí; dle současného systému klasifikace patří do čeledi Aeromonadaceae řádu Aeromonadales3. Rod vykazuje vysokou heterogenitu a genetickou proměnlivost, fenotypová diferenciace je obtížná. Validně bylo doposud popsáno 17 druhů aeromonád řazených do pěti skupin1. Metoda matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight2 hmotnostní spektrometrie je analytická technika identifikující markery bakteriálního proteomu. Je vhodná pro rychlou identifikaci spekter MALDI MS profilu, charakteristického v rámci rodu, druhu a kmene. Cílem práce byla optimalizace kultivace, přípravy vzorku a podmínek pro hmotnostní analýzu, následné stanovení MALDI-MS profilu rodu, vyhledání druhově a rodově specifických markerů a jejich využití k taxonomické diferenciaci. Z analýzy celobuněčných vzorků aeromonád byla získána hmotnostní spektra proteinových a peptidových markerů. Zpracování dat zahrnuje identifikaci a kvantifikaci píků, výpočet podobnosti mezi spektry, shlukovou analýzu dat a klasifikaci vzorku. S využitím metody MALDI TOF jsme docílili jasných a rychlých výsledků diferenciace 45ti kmenů aeromonád zahrnujících referenční kmeny i izoláty z prostředí. Významným přínosem metody byla vnitrodruhová diferenciace kmenů a odlišení druhů fenotypově nerozlišitelných. |
| Související projekty: |