Automatická mikroskopie a poziční klonování v přístupech přímé genetiky.
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2006 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Přístupy přímé (klasické) genetiky byly v minulosti uplatňovány jako základní nástroj identifikace geneticky podmíněných fenotypových projevů všech organismů. Znalost celých genomů modelových organizmů umožnila využití nových přístupů, zejména reverzní genetiky, jako velmi efektivního nástroje při identifikaci funkce jednotlivých genů a vedla k revolučním změnám v chápání pojmu genu. Základním handicapem přístupů přímé genetiky oproti genetice reverzní byla rychlost identifikace genů podmiňujících sledovaný fenotyp. Díky velkému pokroku v metodách identifikace genů pomocí metod pozičního klonování se podařilo do velké míry tento handicap odstranit. Naopak zásadní výhodou klasické genetiky oproti genetice reverzní je možnost selektovat přímo na sledovaný znak. V současné době se zdá být paleta mutantů identifikovaných v základních pozorovatelných znacích téměř úplná. Přes značné experimentální úsilí je však stále funkce většiny z 25.498 odhadovaných genů Arabidopsis neznámá. Jednou z možností jak identifikovat funkci zbývajících genů je vývoj nových vyhledávacích přístupů, umožňujících identifikaci znaků, jež nejsou dosud používanými technikami identifikovatelné ať již z důvodů limitací detekčních nebo časových. V naší laboratoři se zabýváme analýzou role rostlinných hormonů cytokininů ve vývoji rostlin a jejich interakcemi s dalšími hormony, zejména auxiny. V současné době jsou dostupné mnohé markerové linie, umožňující sledovat např. endogenní hladiny různých hormonů, expresní profily genů, zúčastňujících se regulace vnímání a přenosu hormonálních signálů nebo jejich působení na molekulární úrovni. Využití EMS mutageneze a identifikace mutantů se změnami expresních profilů jednotlivých markerových linií tak otevírá velké možnosti identifikace molekulárních mechanizmů podílejících se na regulaci zmíněných procesů. Limitujícím faktorem při identifikaci mutantů v mutantních knihovnách markerových linií však zůstává nízká průchodnost analýzy pomocí optické mikroskopie. Abychom překonali tuto bariéru, adaptovali jsme k analýze expresních profilů jednotlivých mutantních linií systém pro automatickou mikroskopii .slide, původně vyvinutý firmou Olympus pro automatickou analýzu histologických preparátů. Přizpůsobením pro naše účely, zejména pro automatickou analýzu nerovných a silných preparátů jak v procházejícím, tak v odraženém světle, bylo dosaženo dostatečného rozlišení, umožňujícího analýzu expresních profilů mutantních linií s vysokou průchodností (přibližně 50-100 nezávislých linií za den). Geny zasažené u identifikovaných mutantních linií budou izolovány pomocí pozičního klonování. V současné době jsme vypracovali mapu základních, zejména SSLP markerů, pokrývajících celý genom Arabidopsis a optimalizovali podmínky pro jejich identifikaci v mapovací populaci připravené křížením mutantních Col-0 linií se standardními liniemi Ler-0. Jemné mapování bude probíhat pomocí markerů publikovaných sdružením TAIR a v databázi Monsanto (Cereon Genomics). Podporováno granty MŠMT MSM0021622415 a LC06034. |
| Související projekty: |