Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5 studovaná molekulovou dynamikou
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2005 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | ChemZi |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Klíčová slova | Molecular dynamics; CDK2; CDK5; phosphorylation; regulation mechanism |
| Popis | Cyklin-dependentní kinázy (CDK) jsou enzymy podílející se na regulaci řady významných buněčných procesů např. buněčného cyklu, apoptózy, diferenciace neuronálních buněk atp. CDK sestvají ze dvou podjednotek, katalytické podjednotky, kinázy a regulační podjednotky, cyklinu. Aktivita těchto enzymů je na molekulární úrovni zvýšena vazbou cyklinu a fosforylací aktivačních míst popř. defosforylací inhibičních míst. Jediný člen rodiny CDK a to CDK5 z tohoto schématu vybočuje, navzdory jeho vysoké homologii (60%) s CDK2 a dalšími enzymy z rodiny CDK. CDK5 není aktivována cyklinem ale regulačním enzymem p35 resp. p39 a navíc je tento komplex plně aktivní a nevyžaduje další aktivaci fosforylací, jako je tomu u ostatních CDK [1-3]. Navíc se ukazuje, že fosforylace v glycinové smyčce (G-smyčce), která je pro CDK2 inhibiční, je pro CDK5 stimulační [4]. Strukturní aspekty regulace fosforylací G-smyky byly nedávno odhaleny molekulovou dynamikou (MD) [5, 6]. O mechanismu aktivace fosforylací v G-smyčce CDK5 nedávno spekuloval v literatue Mapelli a kol. [3] a to zejména s ohledem na vazbu inhibitoru roskovitinu v aktivním místě enzymu. Příspěvek bude diskutovat rozdíly v interakčních energiích inhibitoru s CDK2 resp. CDK5 a dále rozdíly v interakcích mezi CDK a její regulační podjednotkou s cílem pochopit, rozdílný mechanismus regulace CDK5. |
| Související projekty: |