Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5 studovaná molekulovou dynamikou

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

OTYEPKA Michal BÁRTOVÁ Iveta KŘÍŽ Zdeněk KOČA Jaroslav

Rok publikování 2005
Druh Článek ve sborníku
Konference ChemZi
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Fyzikální chemie a teoretická chemie
Klíčová slova Molecular dynamics; CDK2; CDK5; phosphorylation; regulation mechanism
Popis Cyklin-dependentní kinázy (CDK) jsou enzymy podílející se na regulaci řady významných buněčných procesů např. buněčného cyklu, apoptózy, diferenciace neuronálních buněk atp. CDK sestvají ze dvou podjednotek, katalytické podjednotky, kinázy a regulační podjednotky, cyklinu. Aktivita těchto enzymů je na molekulární úrovni zvýšena vazbou cyklinu a fosforylací aktivačních míst popř. defosforylací inhibičních míst. Jediný člen rodiny CDK a to CDK5 z tohoto schématu vybočuje, navzdory jeho vysoké homologii (60%) s CDK2 a dalšími enzymy z rodiny CDK. CDK5 není aktivována cyklinem ale regulačním enzymem p35 resp. p39 a navíc je tento komplex plně aktivní a nevyžaduje další aktivaci fosforylací, jako je tomu u ostatních CDK [1-3]. Navíc se ukazuje, že fosforylace v glycinové smyčce (G-smyčce), která je pro CDK2 inhibiční, je pro CDK5 stimulační [4]. Strukturní aspekty regulace fosforylací G-smyky byly nedávno odhaleny molekulovou dynamikou (MD) [5, 6]. O mechanismu aktivace fosforylací v G-smyčce CDK5 nedávno spekuloval v literatue Mapelli a kol. [3] a to zejména s ohledem na vazbu inhibitoru roskovitinu v aktivním místě enzymu. Příspěvek bude diskutovat rozdíly v interakčních energiích inhibitoru s CDK2 resp. CDK5 a dále rozdíly v interakcích mezi CDK a její regulační podjednotkou s cílem pochopit, rozdílný mechanismus regulace CDK5.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.