Identification of bacteriophage types and their carriage in <I>Staphylococcus aureus</I>
| Název česky | Identifikace typů bakteriofágů a profágů u Staphylococcus aureus |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2004 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Archives of Virology |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Staphylococcus aureus bacteriophages; lysogeny; prophage detection; multiplex PCR; bacteriophage genomics |
| Popis | Z konzervativních sekvencí genomů Staphylococcus aureus bakteriofágových druhů 3A, P11-M15, 77, 187 a Twort reprezentujících fágové seroskupiny A, B, F, L a D bylo navrženo 5 párů primerů, jeden pro každý fágový druh. Pro fágový druh 77 reprezentovaný fágy phi13 a phi77 byly navrženy další dva páry primerů umožňující diferenciaci dvou odlišných fágových kmenů serologické skupiny F integrovaných současně v genomu. Byla zavedena metoda multiplex-PCR a uzpůsobena tak, aby umožnila identifikaci fágů těchto druhů a detekci profágů v genomech S. aureus v reakci v jedné zkumavce. U experimentálně lyzogenizovaných kmenů S. aureus 8325-4 fágy phi11, phi47, phi53, phi84, phi85, phi77 a S. aureus 8325 fágem phi77 se touto metodou podařilo detekovat současně jednoho až čtyři odlišné profágy. Metoda umožňuje přiřadit k fágovému druhu a současně k serologické skupině 23 fágů Mezinárodní standardní řady pro fagotypizaci. Také všechny profágy odhalené v sekvencovaných genomech S. aurues (8325, Mu50, N315, MW2, COL, MRSA 252 a MSSA 476) jsou na základě sekvenční homologie typizovatelné. Podstatné rozdíly v obsahu profágů byly zjištěny jak metodou multiplex PCR, tak selektivní hybridizací u modelového souboru MRSA kmenů, vykazujících nízkou variabilitu v makrorestrikčních spektrech stanovených PFGE. Rozdíly v obsahu profágů lze proto doporučit pro epidemiologické účely a k přesné typizaci MRSA kmenů. Detekce profágů pomocí multiplex PCR je snadnější a rychlejší než standardní metody UV- indukce a mitomycinem C a také než detekce hybridizací pomocí sond a navíc je její výhodou to, že poskytuje údaj nejen o přítomnosti profága, ale umožňuje i jeho zařazení do fágového druhu. |
| Související projekty: |