RIAssigner: A package for gas chromatographic retention index calculation

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

HECHT Helge SKORYK Maksym ČECH Martin PRICE Elliott James

Rok publikování 2022
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Journal of Open Source Software
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www Article
Doi http://dx.doi.org/10.21105/joss.04337
Klíčová slova gas chromatography; retention index; analytical chemistry
Přiložené soubory
Popis RIAssigner is a software package for the computation of gas chromatographic (GC) retention indices (RI). The package uses matchms (Huber et al., 2020) and pandas (The pandas development team, 2020) for data I/O and supports the .msp as well as tabular (.csv & .tsv) formats, among others. It supports multiple keywords identifying the retention time (RT) and RI information and handling SI units for RT. The RI can be computed using non-isothermal Kováts retention-indexing (from temperature programming, using the definition of van Den Dool & Kratz (1963)) or cubic spline interpolation (Halang et al., 1978) based on a reference dataset containing RT & RI. The MIT-licensed package is hosted via bioconda (Grüning et al., 2018) and is also accessible to users as a Galaxy tool (Jalili et al., 2020; Spectrometric Data Processing and Analysis & Institute of Computer Science, 2022).
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.