Red clover (Trifolium pratense) and zigzag clover (T. medium) – a picture of genomic similarities and differences
| Název česky | Jetel luční (Trifolium pratense) a jetel prostřední (T. medium) – přehled genomických podobností a odlišností |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2018 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Frontiers in Plant Science |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2018.00724 |
| Doi | http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2018.00724 |
| Klíčová slova | zigzag clover karyotype; sequencing; FISH; comparative analysis; centromeric repeats |
| Popis | Rod jetel (Trifolium sp.) je jeden z ekonomicky nejdůležitějších rodů čeledě Fabaceae. Více než 10 jeho druhů se využívá jako přírodní hnojivo nebo jako pícnina. V rámci rodu je velikost genomu jetele lučního (T. pratense) jedna z nejmenších, další druhy se šlechtitelským potenciálem mají genomy mnohem větší. Jetel prostřední (T. medium) je blízce příbuzný jeteli lučnímu, který má osekvenovaný genom, ale jeho velikost je asi 7,5x větší. Doposud se nic neví o struktuře tohoto velkého genomu a rozdílech mezi nimi. Sekvenovali jsme genom T. medium (2n = 8x = 64) s pokrytím 23x a složili částečný genom o velikosti 492,7 Mbp. Srovnání sekvencí obou druhů umožnilo validaci 7 specifických repeticí T. pratense a 45 specifických sekvencí T. medium. Nově identifikované repetice umožnily složení karyotypu. Byly charakterizovány tandemové repetice obou druhů a struktura centromerické repetice jetele lučního byla podobná té u jetele plazivého. Dvě repetice, TrM300 a TrM378, vykázaly specifickou lokalizaci v centromerách poloviny chromozomů jetele prostředního; TrM300 na 8 chromozomech a TrM378 na 24 chromozomech. Srovnání se sekvencí T. pratense umožnilo identifikovat více než 105 000 mikrosatelotových repeticí (SSR) a 1 170 000 jednonukleotidových variant (SNV). Data získaná ze sekvenování T. medium představují první pohled na genomickou sekvenci tohoto druhu. Centromerické repetice naznačují jeho alopolyploidní původ, avšak bez homogenního charakteru jejich motivů. Prostřednictvím různých repetic byly 64 vysoce uniformní chromozomy rozděleny do osmi typů. Genom jetele prostředního prošel v evoluci zásadním přeuspořádáním chromozomů a nelze jej považovat za pravého oktoploida. Získaná data, především velký počet predikovaných SSR a SNV, mohou mít velký potenciál v dalším výzkumu leguminóz a pro rychlý pokrok ve šlechtění jetelů. |
| Související projekty: |