Gene classification and mining of molecular markers useful in red clover (Trifolium pratense) breeding

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Klasifikace a validace molekulárních markerů využitelných ve šlechtění jetele lučního (Trifolium pratense)
Autoři	IŠTVÁNEK Jan DLUHOŠOVÁ Jana DLUHOŠ Petr PÁTKOVÁ Lenka NEDĚLNÍK Jan ŘEPKOVÁ Jana
Rok publikování	2017
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Frontiers in Plant Science
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
www	http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2017.00367/full
Doi	http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2017.00367
Obor	Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova	biosynthetic pathways; genetic diversity; sequencing; SNP; specific genes; SSR
Popis	Jetel luční (Trifolium pratense) je významná pícnina. Tato práce přináši rozšíření poznatků o kódujících sekvencích jetele lučního s perspektivou jejich dalšího využití. Celkem bylo charakterizováno 42 996 genů prostřednictvím sekvenování nové generace Illumina a po manuální revizi anotace pomocí Blast2GO. 7 517 genů bylo klasifikováno do metabolických a biosyntetických drah podle biologických procesů. Bylo identifikování 6 749 potenciálních microsatelitních lokusů v kódujících sekvencích jetele lučního a characterizováno 4 005 potenciálních SSR (simple sequence repeat) markerů s PCR produkty o předpokládané délce 100–350 bp. Hustota markerů byla určena na 1 SSR marker na 12,39 kbp. Dále bylo identifikováno 343 027 SNP (single nucleotide polymorphism) markerů, s hustotou 1 SNP marker na 144,6 bp. 95 SSR v kódujících sekvencích bylo analyzováno pro 50 odrůd jetele lučního a bylo získáno 22 vysoce polymorfních markerů s PIC (pooled polymorphism information content) > 0,9. 8 623 SNP bylo využito pro hodnocení polymorfismu individuálních rostlin a hodnoty PIC se pohybovaly od 0 do 0,375. Byla vypracovány temperature switch PCR pro genotypování konkrétních SNP v cílových genech a byla určena homozygotní nebo heterozygotní konstituce pěti lokusů. Vytvořené sady SSR a SNP markerů pro celý genom jsou klíčové pro další rozpracování šlechtitelských postupů s využitím genotypování, pro identifikaci genů konkrétních významných znaků a pro asociační studie na celogenomové úrovni.
Související projekty:	Nové genomické postupy pro šlechtění cizosprašných plodin na zlepšení užitkových vlastností Podpora výzkumné činnosti studentů molekulární biologie a genetiky 5