Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

DLUHOŠOVÁ Jana PÁTKOVÁ Lenka IŠTVÁNEK Jan SOLDÁNOVÁ Martina ŘEPKOVÁ Jana

Rok publikování 2014
Druh Článek ve sborníku
Konference XVI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova Trifolium; clover; sequencing; NGS; SSR; PIC; diversity
Popis Jetel luční (T. pratense L.) je jednou z nejvýznamnějších pícnin v České republice. Genomy jetelů jsou kvůli cizosprašnosti a silné gametofytické inkompatibilitě vysoce variabilní a polymorfní. Pro sekvenaci pomocí platformy Illumina byla vybrána diploidní odrůda jetele lučního Start (2n = 14, 418 Mbp). Ve výsledných poskládaných kontizích byly pomocí programu SSRLocator vyhledány mikrosatelitní lokusy, z kterých bylo odvozeno celkem 69 714 SSR markerů. Pro validaci na 39 českých odrůdách jetele lučního byl vybrán soubor celkem 99 SSR markerů. 16 vysoce polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení vnitrodruhové diverzity a identifikaci 26 českých odrůd jetele lučního. 8 vybraných polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení variability hybridní odrůdy Pramedi pomocí koeficientu PIC (polymorphic information content).
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.