mask_explorer_1 - Matlab Tool for Dataset Exploration Suitable for fMRI Group Analysis
| Název česky | mask_explorer_1 - Nástroj v Matlabu pro exploraci datasetů při skupinové fMRI analýze |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2012 |
| Druh | Software |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| www | Adresa stránky se software |
| Popis | Software mask_explorer_1 je určen pro prohlížení datasetů fMRI dat a hledání nekonzistentnostních dat v těchto datasetech. mask_explorer_1 je vhodný především pro skupinové analýzy dat. Nekonzistentní data (například ve formě chybějící části dat jednoho subjektu či neúspěšného předzpracování dat u některých subjektů) mohou způsobit irelevantní závěry studií, které by na těchto datech byly provedeny. Software byl navržen v programovém prostředí Matlab (verze 7.14.0.739 (R2012a)) a využívá některé funkce volně dostupného softwarového balíku SPM8 (verze 4290). Grafické rozhraní programu umožňuje pomocí ‚Load masks or cons‘ nahrát do levé části data několika subjektů. Z nich vytvoří mapu, jejíž hodnoty udávají počet datasetů, které na dané pozici obsahují validní informaci. Mapu těchto hodnot (GSBC) mask_explorer_1 navíc uloží, spolu se skupinovou maskou nahraných datasetů (GMSK). Lze využívat několik škál pro pseudobarvení, prahování dat či nastavit průhlednost překryvového snímku. Pomocí ‚Load background‘ lze nahrát podkladový snímek (navrženo pro NIFTI formát). Pomocí ‚Load any overlay‘ lze do pravé části okna nahrát soubory v NIFTI formátu či statistické parametrické mapy, které jsou produktem softwarového balíku SPM8. Pomocí tlačítek s ‚Add coordinate‘ ‚Clear coordinate‘ a ‚Clear all coordinates‘ lze nastavit seznam souřadnic, na kterých je potřeba zjišťovat validitu dat. Souřadnice jsou v [mm] v MNI prostoru. Názvy souborů, nevyhovujících zadaným souřadnicím se automaticky vypisují do seznamu ‚Unsuitable masks‘. Souřadnice ‚Point coordinate [mm]‘ jsou souřadnicemi nitkového kříže v MNI prostoru, souřadnice ‚Point coordinate [voxel]‘ jsou souřadnicemi voxelu podkladového snímku, který je zaměřen nitkovým křížem. |
| Související projekty: |