Faunus - a flexible framework for Monte Carlo simulation

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

STENQVIST Bjoern THURESSON Axel KURUT Anil VÁCHA Robert LUND Mikael

Rok publikování 2013
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Molecular Simulation
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
www http://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/08927022.2013.828207#.UyrHqYV-n7M
Doi http://dx.doi.org/10.1080/08927022.2013.828207
Obor Fyzikální chemie a teoretická chemie
Klíčová slova Metropolis Monte Carlo; coarse graining; C plus plus scientific programming
Popis Faunus is a set of building blocks or statistical mechanical Lego' for constructing molecular simulation programs to study complex solutions, including proteins, polymers, salts, phospholipid membranes, surfaces and/or rigid macro-molecules. Current focus is on Metropolis Monte Carlo (MC) algorithms with support for anisotropic particles (multipolar, polarisable and sphero-cylindrical) and a flexible Hamiltonian. The design is inherently modular and it is trivial to extend functionality to cover new interaction potentials, geometries or moves. In this study, we present basic features, C++ design principles and review- selected applications. The latter includes splined pair potentials, two-dimensional parallel tempering of protein mixtures and MC swap moves for modelling ion-specific effects without ions.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.