Timed Modelling of Gene Networks with Arbitrary Expression Level Discretization

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

VAN GOETHEM Simon JACQUET Jean-Marie BRIM Luboš ŠAFRÁNEK David

Rok publikování 2013
Druh Článek ve sborníku
Konference Proceedings of the Third International Workshop on Interactions Between Computer Science and Biology (CS2Bio'12)
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
www http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1571066113000212
Doi http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2013.02.019
Obor Informatika
Klíčová slova timed automata; gene regulatory networks; UPPAAL
Popis In this paper, a novel approach to discrete modeling of gene regulatory networks is presented. The approach is based on timed automata and is new in: (i) reflecting discrete abstraction of gene expression with arbitrary granularity, (ii) combining boolean logic with approximation of Hill kinetics. This is achieved by introducing delays that change dynamically with respect to current activity levels of regulating genes. The approach is implemented in UPPAAL and evaluated on benchmark models and on a biological case study.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.