Parameter Identification and Model Ranking of Thomas Networks

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Identifikace parametrů a clasifikace modelů Thomasových sítí
Autoři

KLARNER Hannes STRECK Adam ŠAFRÁNEK David KOLČÁK Juraj SIEBERT Heike

Rok publikování 2012
Druh Článek ve sborníku
Konference Computational Methods in Systems Biology: 10th International Conference, CMSB 2012, London, UK, October 3-5, 2012. Proceedings
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
www http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-33636-2_13
Doi http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-33636-2_13
Obor Informatika
Klíčová slova Thomas network; parameter identification; model checking
Popis We propose a new methodology for identification and analysis of discrete gene networks as defined by René Thomas, supported by a tool chain: (i) given a Thomas network with partially known kinetic parameters, we reduce the number of acceptable parametrizations to those that fit time-series measurements and reflect other known constraints by an improved technique of coloured LTL model checking performing efficiently on Thomas networks in distributed environment; (ii) we introduce classification of acceptable parametrizations to identify most optimal ones; (iii) we propose two ways of visualising parametrizations dynamics wrt time-series data. Finally, computational efficiency is evaluated and the methodology is validated on bacteriophage \lambda case study.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.