Informace o projektu
Nástroj na automatickou anotaci a prohledávání velkých sad proteinů na základě podobnosti jejich struktur
- Kód projektu
- 752/2024
- Období řešení
- 7/2024 - 6/2025
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
CESNET
- Fond rozvoje CESNETu
- Fakulta / Pracoviště MU
- Ústav výpočetní techniky
Proteiny hrají klíčovou roli v biologických procesech, a znalost jejich struktur je nezbytná pro porozumění jejich funkcím. Nedávný vývoj metod predikce proteinových struktur otevřel nové výzkumné možnosti s velkým množstvím nově objevených proteinů. Cílem tohoto projektu je vytvořit robustní řešení pro automatickou anotaci proteinů a nástroj pro podobnostní vyhledávání proteinů v rozsáhlých (200-700M) databázích pomocí hardwaru a cloudových zdrojů CESNET a udělat tyto databáze snadno dostupné pro výzkumníky pomocí zdrojů Národní Repozitářové Platformy.
Publikace
Počet publikací: 11
2024
-
3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
Rok: 2024, druh: Specializovaná databáze
-
3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4
Rok: 2024, druh: Specializovaná databáze
-
3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas
Rok: 2024, druh: Specializovaná databáze
-
AlphaFind
Rok: 2024
-
AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty
-
AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty
-
AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model
Rok: 2024, druh: Specializovaná databáze
-
Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository
Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty
-
GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
Rok: 2024, druh: Specializovaná databáze
-
LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
Rok: 2024, druh: Specializovaná databáze