Informace o projektu
Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů
- Kód projektu
- GA15-11089S
- Období řešení
- 1/2015 - 12/2017
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
Současné problémy mezioborové disciplíny výpočetní systémové biologie vyžadují nasazení pokročilých nástrojů informatiky, zejména formálních metod. Tento fakt je motivován potřebou výpočetní analýzy těžko predikovatelných emergentních chování komplexních biologických systémů. Odhad kinetických konstant a jiných parametrů modelu tvoří nedílnou součást typického výzkumu v systémové biologii. Přímé měření parametrů pomocí tzv. mokrých experimentů je často obtížné nebo dokonce i nemožné. Navrhovaný projekt si klade za cíl vyvinout zcela nové automatizované techniky pro odhadování parametrů, které jsou založeny na vyladění modelu pro zadanou hypotézu formulovanou v temporální logice. Navrhovaný přístup staví na využití metody ověřování modelů, která je využivána pro formální verifikaci počítačových systémů. Velký důraz bude kladen i na dosažení škálovatelnosti pomocí paralelních algoritmů.
Publikace
Počet publikací: 36
2020
-
Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems
Rok: 2020, druh: Další prezentace na konferencích
2019
-
Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim
Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2019), rok: 2019
-
Comprehensive Modelling Platform
Rok: 2019, druh: Další prezentace na konferencích
-
Parameter space abstraction and unfolding semantics of discrete regulatory networks
Theoretical Computer Science, rok: 2019, ročník: 765, vydání: April, DOI
2018
-
E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
Rok: 2018, druh: Další prezentace na konferencích
-
PITHYA
Rok: 2018
-
Unfolding of Parametric Boolean Networks
Electronic Notes in Theoretical Computer Science, rok: 2018, ročník: 335, vydání: Duben 2018, DOI
2017
-
BCSgen: Biochemical Space language software tool
Rok: 2017
-
Biochemical Space: A framework for formal description and annotation of complex biological processes
Rok: 2017, druh: Další prezentace na konferencích
-
Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters
Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2017, rok: 2017