Ekonomické oddělení zajišťuje zpracování účetních dokladů (přijatých i vydaných), vedení a provoz pokladny, účtování cestovních příkazů, výdej stravenek a také účtování a evidenci pořízeného majetku. Oddělení dále poskytuje podporu řešitelům projektů, zakázek doplňkové činnosti a vedoucím všech součástí fakulty v oblasti dodržování pravidel hospodaření s finančními prostředky.

Pracovníci ekonomického oddělení sídlí ve 2. patře, dveře č. 214, 229, 231 a 232; ve 3. patře dveře č. 332.