Molekulárně biologická charakterizace tří ETA bakteriofágů kmenů Staphylococcus aureus izolovaných v českých nemocnicích
| Title in English | Molecular biological characterization of three ETA bacteriophages of Staphylococcus aureus isolated in Czech hospitals |
|---|---|
| Authors | |
| Year of publication | 2012 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Úvod: Kmeny Staphylococcus aureus produkující exfoliativní toxin A (ETA) jsou hlavními původci epidermolytických infekcí postihujících nejenom novorozence, ale i dospělé osoby. Gen eta kódující ETA je nesen profágem integrovaným v genomu hostitelské bakterie. Cílem této studie byla molekulárně biologická charakterizace a srovnávací analýza genomu tří ETA fágů čeledi Siphoviridae, které byly indukovány z kmenů S. aureus izolovaných v českých nemocnicích v letech 2009 a 2010. Metodika: Fágová DNA byla studována s využitím restrikční analýzy (RFLP), PCR genotypizace, sekvenace klonovaných specifických restrikčních fragmentů a PCR amplikonů a bioinformatické analýzy získaných sekvencí. Výsledky: Restrikční analýzou DNA byla odhadnuta celková velikost genomu, určena shoda restrikčních profilů a identifikace jedinečných fragmentů u studovaných fágů. Bylo zjištěno, že dva ETA fágy jsou totožné a jeden se od nich výrazně liší. Srovnání sekvencí 6 modulárních regionů u studovaných fágů s odpovídajícími sekvencemi u dříve popsaných ETA fágů potvrdilo jejich vysokou heterogenitu. Klonováním specifických restrikčních fragmentů a analýzou jejich sekvencí byly zjištěny jedinečné oblasti genomu indukovaných ETA fágů. Tyto byly porovnány se sekvencemi v databázi GenBank. Části genomu specifické pro studované ETA fágy byly využity pro návrh nové PCR metody, která umožnila odhalit výskyt nových typů ETA fágů. Závěr: Studované fágy představují jedinečné a dosud nepopsané typy ETA fágů přispívající k variabilitě a virulenci S. aureus v České republice. Dosažené výsledky potvrzují nejenom velkou heterogenitu genomu ETA fágů, ale zdůrazňují také nutnost vývoje a zdokonalování metod pro jejich detekci a klasifikaci. Práce významně přispívá k upřesnění molekulární epidemiologie a charakterizace ETA produkujících kmenů S. aureus. |
| Related projects: |