Project information
Řízená evoluce dynamických elementů v enzymech s využitím mikrofluidních čipů
- Project Identification
- GA16-07965S
- Project Period
- 1/2016 - 12/2018
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Science
- Cooperating Organization
-
Institute of Scientific Instruments of the ASCR, v. v. i.
Enzymy během katalýzy zajišťují přesnou synchronizaci řady procesů s využitím dynamických prvků, jako jsou přístupové tunely a brány. Tunely a brány zprostředkovávají výměnu ligandů mezi solventem a aktivním místem enzymu nebo mezi dvěma oddělenými aktivními místy. Mobilní brány umožňují přístup vhodných substrátů a kofaktorů, při současném zabránění vstupu nežádoucích ligandů, inhibitorů nebo solventu. Modifikace těchto dynamických částí enzymu může vest k významnému zlepšení vlastností enzymů a představuje tak zajímavou strategii proteinového inženýrství. Inženýrství dynamických prvků vyžaduje kombinatorickou mutagenezi velkého počtu aminokyselin, vedoucí ke vzniku rozsáhlých knihoven o velikosti >10E6 mutantů. V rámci tohoto projektu bude vyvinuta vysoce účinná mikrofluidní screeningová metoda, která bude následně využita pro screening těchto knihoven v řízené evoluci dynamických tunelů a bran. Nově vyvinutá metoda umožní třídění buněk v reálném čase a vícerozměrnou adaptaci proteinů zcela novým způsobem.
Publications
Total number of publications: 19
2018
-
Molecular Gating of an Engineered Enzyme Captured in Real Time
Journal of the American Chemical Society, year: 2018, volume: 140, edition: 51, DOI
-
OPTOFLUIDIC TECHNIQUES FOR DIRECTED EVOLUTION OF ENZYMES
Year: 2018, type: Conference abstract
-
Surface-enhanced Raman spectroscopy of chloroalkanes in microfluidic chips
21ST CZECH-POLISH-SLOVAK OPTICAL CONFERENCE ON WAVE AND QUANTUM ASPECTS OF CONTEMPORARY OPTICS, year: 2018
2017
-
Enzyme Tunnels and Gates As Relevant Targets in Drug Design
MEDICINAL RESEARCH REVIEWS, year: 2017, volume: 37, edition: 5, DOI
-
Exploration of Protein Unfolding by Modelling Calorimetry Data from Reheating
Scientific Reports, year: 2017, volume: 7, edition: November, DOI
-
Metagenome-derived Haloalkane Dehalogenases with Novel Catalytic Properties
APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, year: 2017, volume: 101, edition: 16, DOI
-
Structure-function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases.
HANDBOOK OF HYDROCARBON AND LIPID MICROBIOLOGY SERIES. AEROBIC UTILIZATION OF HYDROCARBONS, OILS, AND LIPIDS, year: 2017, number of pages: 21 s.
-
Watergate: Visual Exploration of Water Trajectories in Protein Dynamics
Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, year: 2017
2016
-
Regio- and Enantioselective Sequential Dehalogenation of rac-1,3-Dibromobutane by Haloalkane Dehalogenase LinB
CHEMBIOCHEM, year: 2016, volume: 17, edition: 15, DOI