Celogenomové restrikční mapování u vybraných zástupců rodu Treponema.
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2010 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) je původce sexuálně přenosného onemocnění syfilis, T. pallidum subsp. pertenue (TPE) a T. pallidum subsp. endemicum (TEN) způsobují nevenerická onemocnění yaws a endemickou syfilis. Jmenované patogeny nelze kultivovat ani morfologicky či serologicky odlišit. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Cílem této práce bylo tyto genomové rozdíly identifikovat. Technikou whole genome fingerprinting (WGF) bylo porovnáváno celkem 8 kmenů Treponema pallidum. Jednalo se o 4 TPA kmeny – Nichols, DAL-1, Mexico A, SS14; 3 TPE kmeny – Samoa D, CDC-2, Gauthier a jeden taxonomicky nezařazený kmen Fribourg-Blanc izolovaný z paviána. Metodou WGF byla stanovena příbuznost a délka genomů studovaných kmenů. Délka genomů je velmi podobná (1039,2 – 1040,9 kb), sekvenční shoda přesahuje 99,5 %. I přes vysokou sekvenční shodu lze TPA a TPE kmeny navzájem odlišit v 6 oblastech, kde byly nalezeny 4 delece (33 – 377 bp) a 2 inzerce (52 bp a 377 bp) oproti TPA kmenům. Opičí izolát Fribourg-Blanc se v těchto oblastech sekvenčně podobá TPE kmenům. Detegovaných změn lze využít v molekulární diagnostice onemocnění yaws a syfilis, především v oblastech, kde se tato onemocnění vyskytují současně. V genech TP0433-434 a TP0470 byla zjištěna přítomnost repetitivních sekvencí, přičemž počet repeticí je kmenově specifický. U kmenů Nichols, Samoa D, DAL-1, Gauthier, CDC-2 a Fribourg-Blanc byly identifikovány unikátní sekvenční změny, které lze použít v diagnostice a epidemiologii. Většina objevených sekvenčních změn se nachází v tpr genech, které pravděpodobně ovlivňují patogenezi treponemálních infekcí. |
| Related projects: |