Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D.
| Title in English | Comparison of Pyrosequencing and comparative genome sequencing of Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D |
|---|---|
| Authors | |
| Year of publication | 2007 |
| Type | Article in Proceedings |
| Conference | 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty. |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Field | Genetics and molecular biology |
| Keywords | Pyrosequencing; comparative genome sequencing; Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D |
| Description | Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je na úrovni sekvence DNA příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprinting byla zjištěna stejná struktura genomů i stejné pořadí genů obou poddruhů, microarray analýza otevřených čtecích rámců odhalila vysokou sekvenční příbuznost jednotlivých genů (> 99 %). Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws je tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Sekvence genomu kmene Samoa D byla získána pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvenování. CGS bylo získáno 8 kontigů s 8 mezerami o velikosti 15 - 3850 bp. Pyrosekvenováním bylo získáno 29 kontigů s 29 mezerami o velikosti 1 - 3344 bp. Porovnáním CGS a pyrosekvenování bylo odhaleno 512 odlišností, které byly ověřeny sekvenací podle Sangera. Na chybách způsobených pyrosekvenováním se podílí z 93,6 % delece a inzerce (poměr delecí a inzercí je stejný), z 6,4 % substituce, na chybách způsobených CGS se podílejí z 47,5 % substituce, z 35,7 % delece a z 13,3 % inzerce a z 3,5 % kombinované změny. Z výsledků vyplývá, že CGS chybuje 1,3x častěji než pyrosekvenování.Velký podíl na chybách u pyrosekvenování je dán limitací této metody při zpracování signálu z homopolymerních úseků. Chyby u CGS mohou být způsobeny nepřesností referenční sekvence kmene Nichols. |
| Related projects: |