DDA, DIA, či directDIA: závisle, s knihovnou či bez? Praktické porovnání přístupů pro různé typy proteomických experimentů
| Title in English | DDA, DIA, or directDIA: dependently, with library, or without? Practical comparison of approaches for different types of proteomics experiments |
|---|---|
| Authors | |
| Year of publication | 2019 |
| Type | Appeared in Conference without Proceedings |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Datově závislý sběr dat (data-dependent acquisition, DDA) je konvenční proteomickou akviziční technikou pro on-line kombinaci kapalinové chromatografie (LC) a hmotnostní-spektrometrie (MS). DDA-MS je postavena na výběru omezeného počtu nejintenzivnějších prekurzorových iontů v okamžiku jejich eluce a jejich fragmentaci. V posledních letech se dále intenzivně rozvíjí přístup na bázi datově nezávislého sběru dat (data independent acquisition, DIA), který je postaven na výběru prekurzorů v širokých oknech a jejich fragmentaci. Hlavní výhodou DIA je konzistentní peptidová kvantifikace ve studiích o velkém počtu vzorků, umožňující klasifikaci na základě proteotypů [1]. Zatímco klasický DIA přístup vyžaduje tvorbu spektrální knihovny, directDIA přístup postavený na algoritmu DIA Umpire zahrnuje databázové prohledávání z DIA dat [2]. Cílem prezentace bude porovnat výsledky aplikace těchto přístupů v různých typech proteomických experimentů. V rámci prezentace budou diskutovány výsledky tří studií: (i) budou srovnány výsledky měření souborů tkání nádorů prsu pomocí SuperSILAC, DIA a directDIA, (ii) budou srovnány výsledky z analýzy proteinových frakcí se SILAC-3plex značením pomocí DDA a direct-DIA, (iii) budou srovnány výsledky z funkčně-proteomického experimentu zaměřeného na studium úlohy desmocollinu-1 v buněčné linii odvozené od luminálního nádoru prsu pomocí DDA a directDIA. Data ukazují, že (direct)DIA je vysoce kompetitivní přístup ke konvenční DDA s label-free kvantifikací, kde dosahuje srovnatelného či lepšího pokrytí proteomu, navíc s výrazně konzistentnější kvantifikací v MS2 módu vedoucí ke kompletní datové matrici. To předurčuje DIA k analýze velkých souborů vzorků v klinickém a experimentálním výzkumu. |
| Related projects: |