“OMICS” přístupy ve vyhledávání metastatických biomarkerů u nádorů prsu
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2015 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Východiska: Nádory prsu jsou nejčastějším typem nádoru u žen. Současné diagnostické přístupy však stále vykazují nedokonalosti při určení rizika metastazování u subtypu luminal A, kdy malá část pacientek vykazuje v rozporu s teoretickou prognózou časné uzlinové metastáze. V našem projektu se snažíme identifikovat, validovat a charakterizovat specifické proteiny, mechanismy a metastatické molekulární portréty, které by byly použitelné v identifikaci pacientek s vyšším rizikem metastazování Materiál a metody: V první fázi projektu jsme se zaměřili na vyhledávání prometastatických cílů v souboru 96 charakterizovaných nádorů prsu zahrnujícího stratifikaci vzorků podle grade, exprese hormonálních receptorů a stavu lymfatických uzlin. Primární proteomická studie byla založena na metodice zahrnující štěpení komplexních lyzátů trypsinem, značení peptidů isobarickými značkami (iTRAQ), separaci peptidů dvourozměrnou kapalinovou chromatografií a identifikaci a kvantifikaci proteinů na bázi vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie (iTRAQ-2DLC-MS/MS). Soubor 95 vybraných genů pak byl profilován na transkriptové úrovni. Statistika zahrnující Spearmanovu korelaci odhalila dva klastry související se stavem lymfatických uzlin u low garde karcinomů. Sada proteinů, změny jejichž exprese byly potvrzeny na proteinové i transkriptové úrovni, byla dále validována pomocí imunohistochemie.. Výsledky: Kombinovaný přístup na bázi proteomiky a transkriptomiky ukázal statisticky významné zvýšení proteinových resp. transkriptových hladin panelu 9 genových produktů u metastazujících low-grade nádorů prsu ve srovnání s nemetastazujícími. Statistika zahrnující Spearmanovu korelaci odhalila dva klastry související se stavem lymfatických uzlin u low grade karcinomů. Exprese genů byla úspěšně validována na nezávislém setu nádorů luminal A (N=343) pro CPB1 (p=0.00155), PDLIM2 (p=0.02027) a RELA (p=0.00015), na dalším nezávislém souboru (N=1678) byla získána statisticky významná data ve vztahu k přežití pacientů. Závěr: Naše výsledky ukazují, že molekulární mechanismy metastazování u low-grade karcinomů prsu zahrnují aktivaci proteolýzy, NF-?B dráhy, změny v cytoskeletálních a adhezních proteinech a liší se od mechanismů známých u high-grade karcinomů. Práce byla podpořena Grantovou agenturou ČR (projekt č. 14-19250S), Evropským fondem pro regionální rozvoj a státním rozpočtem České republiky (OP VaVpI - RECAMO CZ.1.05/2.1.00/03.0101), státním rozpočtem České republiky (LO1413) a MZ ČR - RVO (MOÚ, 00209805). |
| Related projects: |