Podstatné zrychlení molekulárních simulací by umožnilo jejich větší zapojení do projektů vývoje
nových léčiv nebo designu proteinů. V současnosti používané algoritmy jsou pomalé kvůli
vysokým energetickým barierám mezi různými stavy systému a z důvodů nutnosti použít krátké
simulační kroky. Cílem projektu je přispět k řešení tohoto problému s použitím umělých
neuronových sítí, konkrétně algoritmu kontradiktorních autokodérů. Tento algoritmus bude
použit pro analýzu simulačních trajektorií (redukce dimenze). Následně bude použit ve spojení
s metadynamikou pro usnadnění překonávání energetických bariér a výpočet profilu volné
energie. Nakonec bude tento algoritmus použit pro vzorkování stavů simulovaného systému s řádově větší efektivitou (větším krokem), než v případě konvenčních simulací.

Sustainable Development Goals

Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.

Publications