Project information
Automatizovaná analýza elektronmikroskopických snímků pro použití v biologii a medicíně (Analýza TEM snímků)

Information

This project doesn't include Faculty of Economics and Administration. It includes Faculty of Informatics. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

MUNI/M/1050/2013

Project Period

3/2014 - 12/2016

Investor / Pogramme / Project type

Masaryk University

Grant Agency of Masaryk University
INTERDISCIPLINARY - Interdisciplinary research projects

MU Faculty or unit

Faculty of Informatics

Other MU Faculty/Unit

Faculty of Medicine

Other MU Faculty/Unit

Faculty of Science

Centrum analýzy biomedicínského obrazu Fakulty informatiky má bohaté zkušenosti s automatizovanou analýzou biomedicínských obrazů včetně vývoje nových algoritmů. Ústav experimentální biologie Přírodovědecké fakulty a Ústav histologie a embryologie Lékařské fakulty potřebují ke svému výzkumu analyzovat obrazy z transmisní elektronové mikroskopie (TEM) v rozsahu, který není dostupnými postupy možný. Cílem projektu je vytvořit softwarové nástroje, které umožní tyto limity překonat a posunout možnosti analýzy TEM obrazů dále. Funkčnost a použitelnost nově vyvinutých softwarových nástrojů bude ověřena a demonstrována na dvou různých biologických aplikacích: (1) kategorizaci exosomů a mikrovezikul podle jednotlivých typů, s motivací najít souvislost mezi typem exosomů a mikrovezikulů u pacientů s nádorovým nebo degenerativním onemocněním (2) sledování změn morfologie endoplazmatického retikula, jehož hodnocení by mělo mít prediktivní charakter pro fyziologickou kondici rozdílných buněčných populací. Výsledkem projektu budou nejen softwarové nástroje a nové algoritmy pro analýzu TEM obrazů, ale očekáváme i důležité biologické závěry, které bude možné díky novým informatickým postupům učinit.

Publications

Total number of publications: 9

2019

TEM ExosomeAnalyzer: a computer-assisted software tool for quantitative evaluation of extracellular vesicles in transmission electron microscopy images

KOTRBOVÁ Anna ŠTĚPKA Karel MAŠKA Martin PÁLENIK Juraj ILKOVICS Ladislav KLEMOVÁ Dobromila KRAVEC Marek HUBATKA František DAVE Zankruti HAMPL Aleš BRYJA Vítězslav MATULA Pavel POSPÍCHALOVÁ Vendula

Article in Periodical

Journal of Extracellular Vesicles, year: 2019, volume: 8, edition: 1, DOI

2017

Revealing 3D Ultrastructure and Morphology of Stem Cell Spheroids by Electron Microscopy

JAROŠ Josef PETROV Michal TESAŘOVÁ Markéta HAMPL Aleš

Chapter of a book

3D Cell Culture : Methods and Protocols, edition: Vyd. 1st. ed., year: 2017, number of pages: 15 s.

2016

Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy

ŠTĚPKA Karel MAŠKA Martin PÁLENIK Jakub Jozef POSPÍCHALOVÁ Vendula KOTRBOVÁ Anna ILKOVICS Ladislav KLEMOVÁ Dobromila HAMPL Aleš BRYJA Vítězslav MATULA Pavel

Article in Proceedings

Computer Vision -- ECCV 2016 Workshops: Amsterdam, The Netherlands, October 8-10 and 15-16, 2016, Proceedings, Part I, year: 2016
Dishevelled is a NEK2 kinase substrate controlling dynamics of centrosomal linker proteins

ČERVENKA Igor VALNOHOVÁ Jana BERNATÍK Ondřej HARNOŠ Jakub RÁDSETOULAL Matěj ŠEDOVÁ Kateřina HANÁKOVÁ Kateřina POTĚŠIL David SEDLÁČKOVÁ Miroslava SALAŠOVÁ Alena STEINHART Zachary ANGERS Stephane SCHULTE Gunnar HAMPL Aleš ZDRÁHAL Zbyněk BRYJA Vítězslav

Article in Periodical

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, year: 2016, volume: 113, edition: 33, DOI
The role of the endoplasmic reticulum stress in stemness, pluripotency and development

KRATOCHVÍLOVÁ Kateřina MORÁŇ Lukáš PAĎOUROVÁ Stanislava STEJSKAL Stanislav TESAŘOVÁ Lenka ŠIMARA Pavel HAMPL Aleš KRONTORÁD KOUTNÁ Irena VAŇHARA Petr

Article in Periodical

European Journal of Cell Biology, year: 2016, volume: 95, edition: 3-5, DOI

2015

Role of TUSC3 gene in ovarian cancer cells

KRATOCHVÍLOVÁ Kateřina VAŇHARA Petr HAMPL Aleš HORAK Peter

Conference abstract

Year: 2015, type: Conference abstract
Simplified protocol for flow cytometry analysis of fluorescently labeled exosomes and microvesicles using dedicated flow cytometer

POSPÍCHALOVÁ Vendula SVOBODA Jan DAVE Zankruti KOTRBOVÁ Anna KAISER Karol KLEMOVÁ Dobromila ILKOVICS Ladislav HAMPL Aleš CRHA Igor JANDÁKOVÁ Eva MINÁŘ Luboš WEINBERGER Vít BRYJA Vítězslav

Article in Periodical

Journal of Extracellular Vesicles, year: 2015, volume: 4, edition: 25530, DOI
Tumor suppressor candidate 3 (TUSC3) prevents the epithelialto- mesenchymal transition and inhibits tumor growth by modulating the endoplasmic reticulum stress response in ovarian cancer cells

KRATOCHVÍLOVÁ Kateřina HORAK Peter EŠNER Milan SOUČEK Karel PILS Dietmar ANEES Mariam TOMASICH Erwin DRÁFI František JURTÍKOVÁ Veronika HAMPL Aleš KRAINER Michael VAŇHARA Petr

Article in Periodical

International Journal of Cancer, year: 2015, volume: 137, edition: 6, DOI
TUSC3 loss enhances ovarian cancer malignancy by promoting the ER stress response

KRATOCHVÍLOVÁ Kateřina HORAK Peter KRAINER Michael HAMPL Aleš VAŇHARA Petr

Conference abstract

Year: 2015, type: Conference abstract